深圳市水質檢測中心成立于1998年，是市水務局直屬事業單位，成立之初主要承擔全市供水（含二次供水）水質檢測工作，2009年9月為滿足深圳水務工作的需要，市編辦同意將市水質檢測中心職責調整為負責全市原水、城市供水（含二次供水）及污水處理廠進廠、出廠水水質檢測工作。